Por otro lado queremos incoporar postdocs, se escuchan propuestas

¡¡¡Algunos temas abiertos!!!

Redes de MAPKs

En el labo queremos estudiar los mecanismos moleculares que regulan la señal de este complejo sistema. Para ellos usaremos técnicas biofísicas y bioquímicas en bulk y de molécula única para caracterizar los mecanismos de reacción, los cambios estructurales y la formación de complejos proteína-proteína.
En el labo tenemos experiencia en biofísica de proteínas ya sea en bulk o de molécula única (Diana Wetzler y Valeria Levi) y en simulación computacional (Adrián Turjanski), asimismo tenemos gran experiencia en MAPKs.
Las personas a trabajar en este proyecto se integrará con los trabajos que estamos realizando usando técnicas computacionales y con colaboradores del exterior algunas de las siguientes áreas:
Caracterización de la estructura/función de MAPK.
Seguimiento de proteínas in-vivo y la posterior modelización in-silico.

Reacciones catalizadas por proteínas

Recientemente se ha observado que proteinas de la familia de GPCRs (G-protein couple-receptros) inducen la dimerizacion de la MAPK ERK2 y su
autofosforilacion en la threonina 188. Se ha demostrado que ERK2 fosforilada en la Thr188 tiene un rol importante en el desarrollo de la hipertrofia cardiaca, sin embargo se desconoce el mecanismo de activacion de ERK2 por GPCRs. En este trabajo proponemos estudiar un posible mecanismo de autofosforilacion mediante tecnicas de dinamica molecular clasica y QM/MM(Metodos hibridos calsico/cuanticos). El alumno adquirira experiencia en las tecnicas de modelado molecular y analisis de estrucutras.

Prediccion de complejos proteina-proteina

La prediccion de la estructura de complejos proteina-proteina es un problema central de la biologia molecular. El desarrollo de algoritmos computacionales que permiten la predicción de complejos partiendo de las estructuras de los componentes separados(algoritmos de Docking) es una de las areas mas activas de la bioinformatica estructural.
La flexibilidad proteica inmpide la facil determinacion de los complejos y un algoritmo que tenga en cuenta esta caracteristica de las biomoleculas es esencial para una prediccion exitosa.
En el labo hemos desarrollado un algoritmo eficiente para realizar docking rigidio y tenemos gran experiencia en la determinacion de la flexibilidad proteica usando diferentes tecnicas computacionales.
El trabajo de tesis consiste en la implementacion de un algoritmo de docking que tenga en cuenta la flexibilidad proteica.

Análisis de estructuras de proteínas en genomas enteros

Esta es una linea nueva que estamos empezando a desarrollar y consiste en el estudio de todo el estructuroma de genomas enteros. La idea es desarrollar herramientas que nos permitan aprender mas sobre los ORF de un genoma usando técnicas de bioinformatica estructural.

Búsqueda de motivos estructurales

A lo largo de los años se han cristalizado un gran número de proteínas cuyas estructuras se encuentran almacenadas en bases de datos. Esto abre grandes oportunidades para la avanzar en la compresnsión de la relación estructura-función mediante la búsqueda de motivos estructurales.